1895 wurde der Amateur-Sport-Club gegründet, 1896 wurde der Sport-Club Berlin durch Carl Diem gegründet, dessen Name 1905 durch Carl Diem in Berliner Sport-Club geändert wurde. Von 1909 bis 1911 wurde der Berliner SC Berliner Meister des von 1904 bis 1911 bestehenden Verbandes Berliner Athletik-Vereine. 1911 scheiterte man im Entscheidungsspiel um die Teilnahme an der deutschen Meisterschaft im Entscheidungsspiel gegen den Meister des Märkischen Fußball-Bundes FC Tasmania 1900 Rixdorf. Ab 1911 spielte der Berliner SC im Verband Brandenburgischer Ballspielvereine, in dem er den einzigen für den Verband Berliner Athletik-Vereine reservierten Platz einnahm.
1923 wird die Fußballabteilung von Hertha 92 aufgenommen, da der Verein aufgrund illegaler Gelder vom Spielbetrieb ausgeschlossen worden war. Die Fußballabteilung trug fortan den Namen Hertha BSC und erreichte sechsmal in Folge (1926 bis 1931) das Endspiel um die deutsche Meisterschaft. In den beiden letzten Jahren (1930 und 1931) errang Hertha BSC seine beiden bisher einzigen Titel als Deutscher Fußballmeister. Unmittelbar nach der ersten Meisterschaft trennten sich die Herthaner wieder vom Berliner SC, der also Teilhabe am Gewinn der deutschen Meisterschaft 1930 hatte. Nach einer Abfindung in Höhe von 73.000 Reichsmark durfte die Hertha das Stadion am Gesundbrunnen sowie das durch die Finalteilnahmen bekannt gewordene „BSC“ behalten.
Nach dem Ausscheiden von Hertha BSC konnte die Fußballabteilung des BSC nicht an die Erfolge von Hertha BSC anknüpfen. Seit 1933 in der zweitklassigen Bezirksklasse Berlin-Potsdam spielend, scheiterte der Verein 1940/41 in den Aufstiegsrunden zur Gauliga Berlin-Brandenburg. 1933 fusionierte der Berliner Sport-Club kurzzeitig mit dem Neuköllner FC Südstern zum Berliner SC Südstern 08. Diese Verbindung wurde aber 1935 wieder gelöst.
Von da an spielte der Verein durchgängig unterklassig und konnte auch während der deutschen Teilung bzw. der Zeit der Berliner Mauer keine nennenswerten Erfolge erzielen. Erst nach der Jahrtausendwende gelang der Sprung in die damals fünftklassige Verbandsliga Berlin, die für zwei Jahre gehalten wurde. Bis 2010 pendelte der BSC zwischen der Verbands- und der Landesliga.
2010 gelang die Rückkehr in die inzwischen in Berlin-Liga umbenannte Spielklasse, die man seither hält und seit 2017 zu den stärksten Mannschaften gehört. In der ersten Hälfte der Abstiegssaison wurde der Berliner SC von Wolfgang Sidka trainiert. Seit der Rückrunde der Saison 2016/17 wurde die 1. Herrenmannschaft vom erfahrenen Wolfgang Sandhowe betreut, der das Team in der darauffolgenden Saison erstmals in das Finale des Berliner Verbandspokals (1:2 gegen den BFC Dynamo) führte. Nur wenige Wochen vor dem Pokalfinale sorgte der Tod des 24-jährigen BSC-Spielers Damantang „Dami“ Camara für Schlagzeilen, der beim Training aufgrund seines ihm bekannten Herzfehlers zusammenbrach und kurz darauf verstarb. In der Saison 2018/2019 war der vorherige Co-Trainer Fabian Gerdts der Trainer der ersten Mannschaft, das Team beendete die Saison auf Platz vier. Zur Spielzeit 2019/2020 übernahm Zeljko Ristic, der zuvor bereits mehrere Nachwuchsmannschaften des Berliner SC trainiert hatte, als Trainer der ersten Mannschaft. Die aufgrund der COVID-19-Pandemie („Corona“) abgebrochene Saison beendete die Mannschaft auf Platz fünf. Zur Spielzeit 2024/2025 übernahm der ehemalige A-Junioren-Trainer Markus Schatte die 1. Herrenmannschaft.